在二周目开始时，玩家首先会回到家中。下楼后，爸爸会给予一张船票，作为新旅程的起点。随后，米可利会打来电话，提示玩家去寻找其他冠军的秘密基地。玩家需要看电视并选择水都的颜色，建议选择不喜欢的颜色以触发后续剧情。出门后，小田卷博士会带领玩家前往研究所，升级全国图鉴，为接下来的冒险做好准备。接下来，玩家需要前往水静市寻找米可利，挑战魅影摩天楼门口的冠军秘密基地。
在二周目中，玩家可以挑战各地区的冠军，如小赤、小绿、希罗娜、渡、阿戴克和艾莉丝等。这些挑战将考验玩家的战略和技巧。例如，小赤的精灵包括：Lv.62妙蛙花、Lv.62喷火龙、Lv.62水箭龟、Lv.62乘龙、Lv.63卡比兽、Lv.66皮卡丘；希罗娜的精灵包括：Lv.62冰精灵、Lv.62假面蔷薇、Lv.62波克基斯、Lv.62鬼盆栽、Lv.63路卡利欧、Lv.64烈咬陆鲨。
在二周目中，有许多隐藏地点和隐藏要素等待玩家去探索。例如，在对战开拓区可以获得对战点数和各种道具，在野生原野区可以找到珍贵的物品等。玩家还可以通过完成特定任务或挑战，前往指定的地点捕捉如海皇牙、古拉顿等强大的神兽。在104号道路的屋子里，与小姐姐对话（选项选择什么都可以），然后出来外面多了一个人，与她对话获得白色药草；凯那市往上，来到戏法屋，这是第八次挑战（上次挑战是在一周目第12期），第八次挑战，这次藏在这，第八次挑战很简单，随便过，另外戏法大师没灵感了，所以这是最后一次挑战，这次挑战的奖励是一个装饰品（帐篷）可以选红色或蓝色，最后一次挑战戏法大师离开后先别走，这儿有个金色珠。
1. 剧情选择：在看电视选择水都颜色时，建议选择不喜欢的那个，这样可以触发更多的剧情和探索内容。
2. 挑战准备：在挑战各地区冠军之前，建议先提升自己的精灵等级和能力，准备好合适的技能和道具，以应对强大的对手。
3. 探索隐藏内容：在游戏过程中，不要错过探索隐藏地点和完成支线任务的机会，这些都可能提供额外的经验和奖励，帮助玩家提升实力。
4. 捕捉神兽：在捕捉神兽时，要注意它们出现的条件和地点，提前做好准备，例如准备好合适的精灵球和捕捉技能。
